中國科學(xué)院昆明動物研究所牽頭，聯(lián)合泰國、柬埔寨等東南亞多國的34個科研團(tuán)隊，組織發(fā)起“中國西南與東南亞人類學(xué)聯(lián)合研究聯(lián)盟(CASEAC)”，建立跨學(xué)科協(xié)同攻關(guān)團(tuán)隊。研究團(tuán)隊深入東南亞大陸雨林腹地，十余年間采集涵蓋五大語系、6個國家、30多個地方的東南亞人群樣本，并成功完成3023例深度全基因組測序，包含40例高精度長讀長測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建了目前最完整的東南亞人群遺傳變異數(shù)據(jù)集——SEA3K。

　　研究人員利用SEA3K數(shù)據(jù)深入分析群體遺傳結(jié)構(gòu)，首次精確描繪了東南亞與東亞人群的遺傳親緣性及地理分化模式。發(fā)現(xiàn)大多數(shù)東南亞人群的遺傳結(jié)構(gòu)主要與他們的地理分布格局一致，而非按語系聚類，表明人群間的分化主要通過地理隔離形成，印證了該地區(qū)復(fù)雜的遺傳交融與語言更替歷史。

　　同時，研究團(tuán)隊在東南亞人群基因組中，發(fā)現(xiàn)東南亞人群適應(yīng)熱帶雨林環(huán)境的關(guān)鍵基因。這些基因的功能涉及體質(zhì)、免疫、代謝等適應(yīng)性特征，揭示了東南亞人群應(yīng)對熱帶環(huán)境的獨特進(jìn)化策略。

　　研究還發(fā)現(xiàn)東南亞人群與已滅絕的古人類丹尼索瓦人的多次基因滲入，表明丹尼索瓦人可能在舊石器時代的亞洲東部地區(qū)廣泛分布，并可能在東南亞大陸與現(xiàn)代人發(fā)生多次混血。

　　目前，中國科學(xué)院昆明動物研究所已聯(lián)合國際合作伙伴正式啟動“東南亞人類基因組計劃”二期工程(SEA10K)。